Gran parte del materiale custodito proviene dal patrimonio conservato dall?ottocentesco Museo Civico di Altamura, che fu chiuso nel 1909. Attualmente il museo può vantare diversi dipinti, oggetti vari (medaglie, monete, cimeli risorgimentali e delle guerre mondiali), mobili antichi, materiale lapideo, statue, busti bronzei ed altro. Appartengono al Museo Civico ottocentesco: il Cofanetto Limosino, una preziosa stauroteca della manifattura di Limoges in legno rivestito di rame sbalzato, dorato e smaltato dell?XI secolo, i dipinti antichi tra cui alcuni di Cristiano Danona (XVII sec.), Giovan Battista Lama (XVIII sec.), Nicola Porta e Giacomo Cestaro (XVIII sec.), la serie dei ritratti dei re del Regno di Sicilia e Napoli (XIX sec) ,i mobili antichi del XVII e XVIII sec.,le medaglie, i numerosi dipinti degli artisti altamurani Raffaele e Tina Laudati (XX secx.),i tre cannoni della resistenza della città di Altamura al cardinale Ruffo nel 1799,statue in pietra (XVI-XVIII sec.),una vera di pozzo in pietra bianca (XVI sec.),una vasca battesimale in pietra (1524), busti in bronzo (XIX sec.),cimeli appartenuti al musicista altamurano Saverio Mercadante (XIX sec). Sono state recentemente acquistate alcune opere di un artista altamurano del secolo scorso: Carlo Striccoli.